Povodně 2006 - Velká voda je naštěstí snad již na ústupu, ale stále částečně omezuje provoz na železnici.
Rozbouřená řeka Dyje, která přetekla přes Vranovskou přehradu, vytvořila spolu s řekou Jevišovkou obrovské jezero u obce Jevišovka, které bylo obraničeno železniční tratí Hrušovany nad Jevišovkou - Břeclav. Voda prosakovala skrz železniční násep, kde vytvářela druhé jezero. Jedinou bariérou byla železniční trať, která nápor vody v pátek dopoledne nevydržela a voda si prorazila cestu skrz, čímž došlo k podemletí části trati v úseku Hrušovany n. J. - Novosedly. Mezi jmenovanými stanicemi je zavedena NAD (náhradní autobusová doprava). Dnes ráno byl z důvodu velké vody vyloučen i navazující úsek Novosedly - Mikulov na Moravě a prodloužena NAD na úsek z Hrušovan až do Mikulova (od 4.4.2006 provoz přerušen a zavedena NAD opět pouze v úseku Hrušovany n.J. - Novosedly).

Druhá poškozená trať je Vranovice - Pohořelice, konkrétně v úseku Přibice - Pohořelice je zastaven provoz, NAD není zavedena.

Mezi stanicemi Stará Paka a Košťálov byl v sobotu ráno zastaven provoz z důvodu sesuvu půdy, po půl třetí odpoledne téhož dne byl provoz obnoven, ale pouze pro řadu 810 a v místě sesuvu byla snížena rychlost na 5 km/h.
Některá místa zasáhla velká voda jen částečně. Například ve stanici Hoštejn (na zastávce v obvodu stanice) byl zaplaven podchod pro cestující a zastavující vlaky jezdí jen po 2.TK mezi Krasíkovem a Hoštejnem.
Podobně to vypadá v zastávce Bílovice nad Svitavou, kde je snížena rychlost na 30 km/h, protože cestující musejí přecházet po úrovňovém přechodu.
Také od pátku je zaplaven podchod na zastávce Luková u Rudoltic v Čechách (trať Česká Třebová - Přerov - Ostrava) a zastavující vlaky mohou jezdit jen po 1.TK.

Na spoustě míst je kvůli velké vodě mimo provoz zabezpečovací zařízení, což ale na jízdu vlaků nemá větší vliv.