V různých etapách budou uzavřeny části nádraží jako některé východy či odbavovací haly. Celá rekonstrukce přijde na 650 mil. Kč a výsledkem by mělo být moderní dopravně-obchodní centrum Praha hlavní nádraží. Autorem projektu rekonstrukce je ing. arch. Patrik Kotas, který se podílel i na návrhu jednotky pendolino či stanice metra Rajská zahrada.

Po rekonstrukci konečně zmizí klasické pokladny a cestující budou odbavováni podobně jako na západoevropských nádražích či na letišti. U přepážky by měl zákazník dostat veškeré informace od nákupu jízdenek přes zajištění taxi až po zjištění volných míst v pražských hotelech. Z odbavovací haly zmizí i stánky a vzniknou obchodní pasaže, restaurační zařízení a rekonstrukcí projde i 1. nástupiště, kde by měla vzniknout pěší promenáda s obchody a restauracemi.

V roce 2001 se do výběrového řízení přihlásilo 6 firem, s opravami se mělo začít v roce 2002 a dokončeny měly být nejpozději do 2 let od začátku rekonstrukce. Společnost Grandi Stazioni vznikla v roce 1996 a byla pověřena rekonstrukcí a provozováním 13 největších italských nádraží po dobu 40 let. Jedná se např. o stanice Roma Termini, Torino Porta Nuova, Venezia Santa Lucia či Milano Centrale. V Česku zajistí firma rekonstrukci a provoz pražského hlavního nádraží a žst. Mariánské Lázně a Karlovy Vary.